Les extraterrestre Tarb, Dren et Sardon dirigées par le mystérieux Deep Bleu s'en prennent à la Terre en utilisant les animaux pour les transformer en créatures nuisibles à l'environnement. Leur but : balayer toute forme de vie en accélérant les processus de pollution.
Pour s'opposer à ces destructeurs, deux personnes, Elliot et Wesley, font des expériences en manipulant les gènes d'animaux en voie de disparition pour le projet Mew Mew. Il consiste à injecter ces gènes dans 5 personnes ayant un ADN spécial. Ces 5 personnes sont 5 jeunes filles portant les noms de Zoey Hanson, Corina Dujardin, Bridget Verdant, Kikki Benjamin et Estelle Renée Roberts.
Ces dernières, qui n'ont rien ressenti sur le moment, vont peu à peu découvrir qu'elles possèdent d'étranges pouvoirs… Toutes ensemble, elles s'en serviront pour contrer la menace grandissante qui plane sur la Terre.